处理占用耕地建厂的问题，根据《中华人民共和国土地管理法》和相关规定，可以采取以下措施：
责令退还：
由县级以上人民政府自然资源主管部门责令非法占用耕地的单位或个人退还非法占用的土地。
拆除建筑：
对于在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，要求限期拆除，并恢复土地原状。
罚款：
可以并处罚款，具体金额依据相关法律规定和案件具体情况而定。
追究刑事责任：
如果占用耕地的行为构成犯罪，比如非法占用农用地罪，将面临刑事责任的追究。
复垦义务：
违法者可能需承担土地复垦的责任，如不履行，可能会被要求缴纳复垦费，并可能受到罚款。
补办手续：
尝试补办相关手续，如土地用途变更或临时用地许可，但这需要符合当地土地利用规划和政策，并且审批流程严格。
证明合法性或合理性：
如果占用耕地存在历史原因或对当地公共利益有重要贡献，可以收集证据向有关部门说明情况，争取特殊处理。
法律途径：
如果对行政机关的决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
以上措施的实施取决于案件的具体情况，包括占用耕地的规模、是否存在故意违法行为、以及对当地环境和社会经济的影响等因素。处理过程中应遵循法律程序，确保公正、合法
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