C1和E驾驶证合并后，扣分规则如下：
合并后的驾驶证：
C1E驾驶证。
扣分规则：
扣分从合并后的驾驶证中扣除，即从C1E驾驶证中扣除。
扣分周期：
每个记分周期为12分。
违章影响：
无论是驾驶小型汽车还是摩托车违章，都会从C1E驾驶证中扣分。
扣分处理：
违章后，一般3~7天可以网上查询或收到短信通知，最晚不超过13个工作日。车主需在15日内到违章地交警队处理违章。
滞纳金：
如果超过15天未处理违章，每天需交纳3%的滞纳金，但不超过原罚款数额的一倍。
请确保遵守交通法规，安全驾驶
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