在离婚案件中，如果涉及两个孩子的抚养权问题，法院会根据以下原则进行判决：
双方协商一致：
如果夫妻双方能够就孩子的抚养问题达成一致意见，法院会尊重双方的意愿，按照双方协商的结果出具判决书。
一人抚养一个：
如果双方不能就孩子的抚养问题协商一致，法院通常会判决一人抚养一个孩子。这种判决方式是为了最大限度保护当事人的合法权益，并认为是较为公平的。
孩子的年龄和性别：
法院在判决时会考虑孩子的年龄和性别。通常情况下，两周岁以下的子女原则上由女方抚养，除非女方存在重大疾病、传染病或其他不利于孩子成长的情况。对于两周岁到十周岁之间的子女，法院会根据有利于子女成长的原则进行判决，考虑因素包括双方的经济条件、抚养能力、孩子的生活习惯等。十周岁以上的子女，法院会尊重孩子的真实意愿。
特殊情况：
如果一方能够证明另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活，那么两个孩子可能均由一方抚养。
共同抚养：
在某些情况下，法院可能会判定双方共同抚养孩子，特别是当孩子年龄较大且愿意与双方共同生活时。
抚养费用：
离婚双方应根据子女的实际需要和双方的经济条件协商确定抚养费的数额。如果双方无法协商一致，可以向人民法院提起诉讼，由法院根据具体情况判决。
综上所述，法院在判决两个孩子抚养权问题时，会综合考虑双方的协商结果、孩子的年龄和性别、抚养能力、经济条件以及孩子的意愿等因素，以最有利于孩子的成长为原则进行判决。如果双方能够协商一致，法院会尊重双方的意愿；如果无法协商一致，法院会按照一人抚养一个的原则进行判决，并可能根据具体情况作出其他安排。
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