小规模纳税人清卡的方法如下：
及时缴纳税款
通过按照规定支付各项税款及时缴纳来办理清卡。
预缴税款及时缴纳。
提供发票记录
提供发票记录，按期完成应税服务费用和其他应付账款的缴纳。
补交文件
如果税收依据及其他相关文件未按时上交，应在缴纳税款后立即将其补交。
折中支付清卡
根据实际情况采取折中支付清卡，并做好相关记录。
抄税清卡操作
在计算机连接互联网状态下登录开票系统，开票系统自动进行上报汇总。纳税申报成功后需再次登录开票系统完成自动清卡工作。
登录开票系统在报税处理模块里执行【上报汇总】，然后进行【纳税申报】。最后登录开票系统进行【远程清卡】进行操作。
手动抄税清卡
如果网络或供电存在异常，可能会导致清卡出现问题，此时需要按照上述步骤手动抄税，清卡。
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