工程企业需要交纳的税种主要包括以下几种：
增值税
一般纳税人增值税征收率为9%。
一般纳税人选择简易计税法和小规模纳税人的适用增值税税率为3%。
小规模纳税人增值税税率为3%，但可以享受减按1%征收率。
企业所得税
税率为25%。
小微企业年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，并按20%的税率缴纳企业所得税。
印花税
建设工程施工合同印花税按合同承包金额万分之三计算。
产权转移书据印花税税率为价款的万分之五。
城市维护建设税
根据缴纳的增值税额来计算，税率按照工程所在地的城乡类型不同分别确定，市区为增值税额的7%，乡镇为增值税额的5%，其他为增值税额的1%。
教育费附加和地方教育费附加
教育费附加的税率为增值税额的3%。
地方教育费附加的税率为增值税额的2%。
个人所得税
主要针对企业员工工资薪金，按工资的多少，根据九级累进税率计算交纳。
其他税种
可能涉及房产税、土地使用税等。
综上所述，工程企业主要需要交纳的税种为增值税、企业所得税、印花税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育费附加以及个人所得税。具体的税率和征收方式根据企业类型、业务性质以及相关政策有所不同。建议工程企业在实际操作中，咨询专业的税务顾问以确保合规并充分利用相关税收优惠政策。
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