深圳单位补缴社保的办理流程如下：
准备材料
单位社保负责人需要准备以下材料：
劳动合同
公司营业执照副本
工资条
银行工资流水
本人和法人代表的身份证
公司公章
网上申报
单位可以通过深圳社保网上服务平台进行补缴社保。具体步骤如下：
登录深圳电子税务局
选择企业登录，输入企业统一信用代码、手机号、密码登录
进入地方特色模块，找到社保业务
选择月度缴费工资申报，点击确认
添加需要补缴的人员及时间月份，确认提交
在社保业务模块，找到社保费申报及缴纳，选择扣费方式（三方协议扣费或第三方扫码扣费），点击确认即可
线下办理
如果补缴超过三个月的社保费用，可能需要到线下社保中心进行办理。具体步骤如下：
在i深圳APP上预约社保办理，提前预约
准备上述材料
前往社保机构提交材料并等待审核
审核通过后，在税务局系统线上补缴社保
补缴记录需要2-3天后在支付宝上可查询到
补缴确认
社保中心计算补缴金额后，单位负责人需要办理补缴确认手续，确保补缴信息无误
建议：
单位应尽早办理补缴手续，避免因社保断缴影响员工权益。
办理补缴时，确保所有材料齐全并真实有效，以便顺利通过审核。
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