当遇到被告主体不适格的情况时，法院通常会采取以下处理方式：
驳回原告的诉讼请求：
法院在受理案件后，如果发现被告主体不适格，会驳回原告的诉讼请求。
告知原告变更被告：
根据《民事诉讼法》第一百零八条，法院可以依职权告知原告所起诉的被告不适格，并建议原告变更被告。
裁定驳回起诉：
如果原告不同意变更被告，也不申请撤诉，法院可以依法裁定驳回原告的起诉。
作为第三人参加诉讼：
在某些情况下，如果应当追加被告而原告不同意追加，法院可以通知其以第三人的身份参加诉讼。
法律依据：
处理被告主体不适格的法律依据主要是《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条和第一百二十二条。
需要注意的是，被告主体不适格属于程序性问题，并不影响法院对案件的实体审查。如果原告起诉时只要求被告明确，不要求被告正确，即使被告主体有误，也不属于法院不予受理的情形。
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