农村违章建筑的认定主要依据以下标准：
审批手续方面
必须先向村集体提出申请，经村民会议或农村集体经济组织全体成员会议讨论同意，报乡（镇）人民政府审核批准，获得宅基地批准书。
农村建设项目需要取得乡村建设规划许可证，且必须符合乡村规划。
土地性质方面
耕地只能用于农业生产，严禁在耕地上未经批准建设房屋等永久性建筑物。
集体建设用地包括宅基地、乡镇企业用地、乡村公共设施和公益事业用地等，必须在合法的集体建设用地上进行建设。
建筑高度和规模
农民申请了宅基地建房子后，高度和宽度不能超过规定的标准，如一般不得超过三层，每层不超过3.3米。
其他相关规定
不得占用已规划为公共场所、公共设施用地或公共绿化用地的土地进行建设。
不得擅自改变工业厂房、住宅和其他建筑物使用功能。
不得擅自改建、加建。
对于未取得或未按规定取得建设工程规划许可证的建筑，以及擅自更改建设内容导致与规划许可不符的建筑，均属于违章建筑。
法律依据包括《城乡规划法》和《土地管理法》等相关法规。县级以上地方人民政府城乡规划主管部门有权责令停止建设、限期改正或拆除违章建筑。
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