农产品抵扣进项税的方法如下：
从一般纳税人购进农产品
可以使用增值税专用发票上注明的增值税额进行抵扣。
进口农产品
可以使用海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额进行抵扣。
从小规模纳税人购进农产品
可以使用农产品销售发票上注明的农产品买价和规定的扣除率（如10%）计算进项税额进行抵扣。
从农户收购农产品
可以使用农产品收购发票上注明的农产品买价和规定的扣除率（如13%）计算进项税额进行抵扣。
农产品销售发票
农业生产者销售自产农产品时，购买方可以使用农产品销售发票上注明的买价和规定的扣除率（如9%）计算进项税额进行抵扣。
农产品收购发票
收购单位向农业生产者个人收购自产农业免税产品时，可以使用农产品收购发票上注明的买价和规定的扣除率计算进项税额进行抵扣。
请注意抵扣进项税额时，必须遵守相关税法规定，并在规定的期限内完成认证或确认，以及在规定的时间内向税务机关申报进项税额抵扣。
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