证据不足的案件在司法程序的不同阶段有不同的处理方式：
侦查阶段
如果公安机关在侦查过程中发现证据不足以支持对犯罪嫌疑人的指控，可以撤销案件。
如果犯罪嫌疑人已被逮捕，应立即释放，并发放释放证明。
审查起诉阶段
检察院在审查起诉时，如果发现证据不足，可以作出存疑不起诉的决定。
如果检察院认为犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有其他法律规定的情形，也可以作出不起诉决定。
审判阶段
在法院审理过程中，如果检察院撤回起诉，或者法院在审理后认为证据不足，可以依法作出无罪判决。
根据《刑事诉讼法》第二百条的规定，如果案件事实清楚但证据不足，法院应当作出无罪判决。
其他可能的结案方式
公安机关可以尝试调解结案，出具侦查终结报告书，并可能组织双方当事人进行调解。
被害人可以提起自诉，要求对方承担民事责任。
对于某些特殊案件，公安机关可能会进行“有限公诉”。
以上各阶段的处理都需遵循《刑事诉讼法》及相关法律规定，确保司法公正。
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